W Ogrodzie Botanicznym UKW znajduje się 10 drzew będących pomnikami przyrody. Zostały one ustanowione Uchwałą Rady Miasta Bydgoszcz nr LXII/1300/14 z dn. 24.09.2014 (Dz. Urz. z 2014 poz. 2720) w sprawie ustanowienia pomników przyrody na terenie Bydgoszczy

Pomniki przyrody:

• wiąz syberyjski (Ulmus pumila), dwupienny, o obwodach pni 220 cm i 128 cm,
• topola szara (Populus x canescens), o obwodzie 309 cm,
• Tetradium daniellii (syn. Euodia hupehensis), o obwodzie 174 cm,
• leszczyna turecka (Corylus colurna), dwupienna, o obwodach pni 147 cm i 86 cm,
• dąb burgundzki odm. wąskolistna (Quercus cerris v. austriaca), o obwodzie 375 cm,
• grusza polna (Pyrus pyraster), o obwodzie 270 cm,
• dąb szypułkowy (Quercus robur), o obwodzie 280 cm,
• kłęk kanadyjski (Gumnocladus dioicus), o obwodzie 176 cm,
• kasztanowiec biały (Aesculus hippocastanum ‘Pyramidalis’) o obwodzie 265 cm,
• magnolia pośrednia (Magnolia x soulangiana), dwupienna, o obwodach: 51 cm i 39 cm.